Vadības sistēma ir vertikālā apstrādes centra galvenā sastāvdaļa. Tā saņem operatora komandas un kontrolē dažādu mašīnas sastāvdaļu kustību. Vadības sistēmās parasti tiek izmantotas augstas-precizitātes CNC sistēmas, kas nodrošina sarežģītus apstrādes ceļus un precīzu pozicionēšanu. Precīzi kontrolējot vadības sistēmu, vertikālie apstrādes centri var sasniegt augstas-precizitātes apstrādi, ievērojami uzlabojot ražošanas efektivitāti un kvalitāti.
